सुप्रीम कोर्ट ने एक महत्वपूर्ण टिप्पणी करते हुए कहा कि धर्मनिरपेक्षता हमेशा से भारत के संविधान के मूल ढांचे का हिस्सा रही है. संविधान में प्रयुक्त समानता और बंधुत्व शब्दों के साथ-साथ भाग  के तहत अधिकारों पर एक नज़र डालने से स्पष्ट संकेत मिलेंगे कि धर्मनिरपेक्षता को संविधान की एक प्रमुख विशेषता माना गया है. 

सुप्रीम कोर्ट के जस्टिस संजीव खन्ना और संजय कुमार की बेंच ने मामले की सुनवाई के दौरान यह टिप्पणी की. न्यायमूर्ति संजीव खन्ना ने मौखिक रूप से कहा कि इस न्यायालय के कई फैसले हैं जो स्वीकार करते हैं कि धर्मनिरपेक्षता हमेशा संविधान के मूल ढांचे का हिस्सा रही है. भारत में धर्मनिरपेक्षता का एक नया मॉडल अपनाया गया है, जो धर्मनिरपेक्षता के फ्रांसीसी मॉडल से अलग है.

बीजेपी नेता और पूर्व सांसद सुब्रमण्यम स्वामी और वकील अश्विनी कुमार उपाध्याय ने सुप्रीम कोर्ट में याचिका दायर कर संविधान की प्रस्तावना से धर्मनिरपेक्षता और समाजवाद शब्द हटाने की मांग की है. जिसकी सुनवाई के दौरान जस्टिस खन्ना ने याचिकाकर्ताओं से पूछा, ''क्या आप नहीं चाहते कि भारत धर्मनिरपेक्ष बने?'' इसके जवाब में याचिकाकर्ता के एक वकील ने कहा कि हम यह नहीं कह रहे हैं कि भारत को धर्मनिरपेक्ष नहीं रहना चाहिए बल्कि हम संविधान में संशोधन को चुनौती दे रहे हैं. डॉ अम्बेडकर ने कहा कि समाजवाद शब्द को शामिल करने से व्यक्तिगत स्वतंत्रता कम हो जायेगी. बाद में जवाब में जस्टिस खन्ना ने कहा कि समाजवाद का मतलब अवसर की समानता भी हो सकता है, देश की संपत्ति को समान रूप से वितरित किया जा सकता है. हम पश्चिमी व्याख्याओं को स्वीकार नहीं करते. फिलहाल इस मामले की सुनवाई अगले महीने तक के लिए टाल दी गई है.